Здравствуйте!
Если плательщик НПД не предоставил чек, то расходы нельзя учесть в налоговом учете при УСН.
Федеральный закон от 27.11.2018 N 422-ФЗ "О проведении эксперимента по установлению специального налогового режима "Налог на профессиональный доход" , статья 15:
Цитата:9. Организации и индивидуальные предприниматели, применяющие упрощенную систему налогообложения и систему налогообложения для сельскохозяйственных товаропроизводителей (единый сельскохозяйственный налог), при определении налоговой базы не учитывают расходы, связанные с приобретением товаров (работ, услуг, имущественных прав) у лиц, применяющих налог,при отсутствии чека,сформированного продавцом (исполнителем) в порядке, предусмотренном статьей 14 настоящего Федерального закона.
Если расходы были учтены, то их следует исключить и подать уточненную декларацию по УСН, предварительно доплатив налог и пени (статья 81 НК).
Также на выплату самозанятому должны быть начислены страховые взносы.
Пункт 1 статьи 15 Закона 422-ФЗ:
Цитата:Выплаты и иные вознаграждения, полученные налогоплательщиками - физическими лицами, не являющимися индивидуальными предпринимателями, подлежащие учету при определении налоговой базы по налогу, не признаются объектом обложения страховыми взносами для плательщиков, указанных в абзацах втором и третьем подпункта 1 пункта 1 статьи 419 Налогового кодекса Российской Федерации, в случае наличия у таких плательщиков чека, сформированного налогоплательщиком в порядке, предусмотренном статьей 14 настоящего Федерального закона.